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Como órgão superior de planejamento, orientação, supervisão e fiscalização, estabelece normas e regulamentos em radioproteção e licencia, fiscaliza e controla a atividade nuclear no Brasil. A CNEN desenvolve ainda pesquisas na utilização de técnicas nucleares em benefício da sociedade. A área de Pesquisa e Desenvolvimento investe no emprego da tecnologia nuclear em medicina, agricultura, indústria e meio ambiente. Além da produção de radioisótopos e radiofármacos, amplamente utilizados em medicina nuclear, as atividades abrangem os processos e tecnologias em radiodiagnóstico e radioterapia.