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O Decreto nº 3.450/2000 conferiu à Funasa a gestão da Vigilância Ambiental em Saúde, focando na análise de fatores ambientais ligados à saúde. Até 2003, a fundação estruturou sistemas integrados com foco em riscos ambientais e biológicos. Também atuou na distribuição de vacinas e insumos, especialmente em pequenas cidades e áreas indígenas. Com a reestruturação do Ministério da Saúde, a Funasa passou a focar em saúde indígena e saneamento ambiental. Isso levou à criação de um Plano Estratégico participativo para alinhar suas ações às novas diretrizes institucionais